這家叫做“妙藥堂”的中醫(yī)診所，他的擁有者是家里世代行醫(yī)的唐本草。這個(gè)診所不光給人看病，還接待一些神秘奇異的妖怪……在大夫與病人之間，在人類與妖怪之間，發(fā)生了各種各樣的故事……

一個(gè)滿是“門”的空間，這里被稱之為閥限世界，在這里門就是水閥，怪物是水流，一旦閥門失控怪物便會(huì)破門而出，如潮水般的涌入現(xiàn)實(shí)世界， 而兩個(gè)時(shí)間線里的兩支隊(duì)伍，分別是無(wú)以名為首的神仙組，段武常為首的超物質(zhì)調(diào)查團(tuán)隊(duì)，他們?yōu)樽柚惯@場(chǎng)末日浩劫，決定奮力一戰(zhàn)！ 隨著調(diào)查的深入，一個(gè)更大的陰謀浮出水面！

原本中醫(yī)系畢業(yè)的張機(jī)，因?yàn)橹嗅t(yī)不容樂觀的就業(yè)情勢(shì)，于是打算轉(zhuǎn)行“更有前途”的西醫(yī)。然而某天他回家后，發(fā)現(xiàn)家中多了位不速之客——醫(yī)仙【岐伯】。岐伯以“因?yàn)槟闶菑垯C(jī)（張仲景）”為理由，將“重振中醫(yī)”交給了張機(jī)。 為了讓張機(jī)可以勝任“重振中醫(yī)”的重任，岐伯遣藥?kù)`親自教導(dǎo)張機(jī)中藥的配伍使用，并將一本可以與藥?kù)`訂立契約的《玉函本草集》交由張機(jī)，同時(shí)讓人參【任弦】作為張機(jī)的幫助與監(jiān)督者。