這家叫做“妙藥堂”的中醫(yī)診所，他的擁有者是家里世代行醫(yī)的唐本草。這個診所不光給人看病，還接待一些神秘奇異的妖怪……在大夫與病人之間，在人類與妖怪之間，發(fā)生了各種各樣的故事……

原本中醫(yī)系畢業(yè)的張機，因為中醫(yī)不容樂觀的就業(yè)情勢，于是打算轉行“更有前途”的西醫(yī)。然而某天他回家后，發(fā)現(xiàn)家中多了位不速之客——醫(yī)仙【岐伯】。岐伯以“因為你是張機（張仲景）”為理由，將“重振中醫(yī)”交給了張機。 為了讓張機可以勝任“重振中醫(yī)”的重任，岐伯遣藥靈親自教導張機中藥的配伍使用，并將一本可以與藥靈訂立契約的《玉函本草集》交由張機，同時讓人參【任弦】作為張機的幫助與監(jiān)督者。

二十四節(jié)氣不僅僅代表著日月運行位置和天氣、動植物生長等自然現(xiàn)象，它還代表著華國數(shù)千年的文化精髓，以及華國人骨子里的底蘊。小神醫(yī)四季一個聰明伶俐的小蘿莉，和活波可愛的熊貓咪嘟嘟，當兩個小可愛遇見傳統(tǒng)的二十四節(jié)氣，會不會帶給我們一個不一樣的華國傳統(tǒng)文化呢？