原本中醫(yī)系畢業(yè)的張機(jī)，因?yàn)橹嗅t(yī)不容樂觀的就業(yè)情勢，于是打算轉(zhuǎn)行“更有前途”的西醫(yī)。然而某天他回家后，發(fā)現(xiàn)家中多了位不速之客——醫(yī)仙【岐伯】。岐伯以“因?yàn)槟闶菑垯C(jī)（張仲景）”為理由，將“重振中醫(yī)”交給了張機(jī)。 為了讓張機(jī)可以勝任“重振中醫(yī)”的重任，岐伯遣藥靈親自教導(dǎo)張機(jī)中藥的配伍使用，并將一本可以與藥靈訂立契約的《玉函本草集》交由張機(jī)，同時(shí)讓人參【任弦】作為張機(jī)的幫助與監(jiān)督者。

在孤兒院長大的痞子華一龍?jiān)谝淮味窔杏已壑貍?，接受了眼角膜移植手術(shù)后意外獲得了透視眼的特異功能，借此順利考入全國頂尖的北方醫(yī)科大學(xué)“臨床醫(yī)學(xué)特殊培訓(xùn)班”（精英天才班），與宿舍四兄弟在醫(yī)學(xué)院一同成長的騷鬧熱血故事。在醫(yī)大生活中，各種重口味醫(yī)學(xué)課程、學(xué)霸與學(xué)渣互相比拼、魔鬼教授與調(diào)皮學(xué)生斗智斗勇，讓華一龍不斷的成長。

明末，人們迷信修仙煉丹拒絕求醫(yī)，中醫(yī)式微。少年醫(yī)者李子明機(jī)緣巧合之下從一本破舊的《本草綱目》中召喚出藥靈——冬葵仙子。她懇請世間唯一能和曾經(jīng)的李時(shí)珍一樣與藥靈對(duì)話的李子明幫助藥靈們收集因事故四散的《本草綱目》殘頁，拯救草藥精靈們的世界，同時(shí)將《本草綱目》中記載的資料流傳下來，將中醫(yī)發(fā)揚(yáng)光大。李子明醫(yī)者仁心，不忍拒絕，從此踏上旅程。在一系列遭遇和邂逅中不斷成長，收集殘頁的同時(shí)也與藥靈們結(jié)下深厚羈絆。

混混少年秦明，文弱書生白齊，一個(gè)是設(shè)局人，一個(gè)是解局人；一個(gè)是陰差陽錯(cuò)，一個(gè)是蓄謀已久。二人通過選拔，攜手進(jìn)入金吾衛(wèi)，雖屢遭到權(quán)貴刁難，二人憑借膽識(shí)及能力硬是殺出了一條血路。