明末，人們迷信修仙煉丹拒絕求醫(yī)，中醫(yī)式微。少年醫(yī)者李子明機緣巧合之下從一本破舊的《本草綱目》中召喚出藥靈——冬葵仙子。她懇請世間唯一能和曾經(jīng)的李時珍一樣與藥靈對話的李子明幫助藥靈們收集因事故四散的《本草綱目》殘頁，拯救草藥精靈們的世界，同時將《本草綱目》中記載的資料流傳下來，將中醫(yī)發(fā)揚光大。李子明醫(yī)者仁心，不忍拒絕，從此踏上旅程。在一系列遭遇和邂逅中不斷成長，收集殘頁的同時也與藥靈們結下深厚羈絆。

天才少年古云，因為被上古神族中下神印，導致靈力減弱，成為青山門公認的廢物，被貶為雜役。父親因此被牽連，廢除族長之位，囚禁在敵人飛盧家族的天牢里。這時古云發(fā)現(xiàn)了自己身上隱藏的秘密，并且跟古神達成合作協(xié)議，從此走上了升級吊打各路老祖的修真之路。